🎬 软件实操视频
从安装到细胞通讯，6 个视频快速上手
📚 参考文献
软件分析流程参考的高水平期刊文献
🧬 单细胞分析一般流程
绿色步骤本软件自动完成 · 也可联系人工服务定制高级分析
🧬 各步骤详细说明
软件功能模块逐项介绍
获取原始表达矩阵
测序公司完成 Cell Ranger 比对后交付三个文件：matrix.mtx / barcodes.tsv / features.tsv，或从 GEO 数据库下载公开数据集。软件支持上传 10X 三件套、Seurat RDS 对象、H5 (HDF5) 格式。
一键流程：质控 · 标准化 · 降维聚类 · 细胞注释
软件自动完成点击「⚡ 一键流程」按钮，软件自动执行：去除低质量细胞（按 nFeature / mitoPercent 阈值）→ 归一化 (LogNormalize) → 筛选高变基因 (FindVariableFeatures) → PCA 主成分分析 → UMAP / t-SNE 可视化 → 无监督 Louvain 聚类 → 自动注释 8 大细胞类型（基于 marker 评分，覆盖肺/肝/胰/通用四套 marker 库）。整个过程对中等规模数据（1-3万细胞）约需 3-8 分钟。
可视化与基因表达分析
软件自动完成包括 5 种核心图表：UMAP/t-SNE 图（按聚类、细胞类型、样本分组着色）；基因表达图 FeaturePlot（任意基因在降维图上的表达分布，支持子集筛选）；气泡图 DotPlot（多基因×多分组的表达概览）；小提琴图 Violin Plot（基因表达分布按组比较）；细胞比例图（堆叠柱状图，展示各样本/条件下的细胞组成变化）。每张图右下角均有 PDF 高清下载按钮。
差异表达分析（DEG）
软件自动完成支持任意亚群间两两比较 (FindMarkers) 或一对多比较 (FindAllMarkers)，输出 logFC / pct.1 / pct.2 / p_val_adj 完整结果表，自动生成差异基因火山图和 Top 基因热图，可下载 CSV 用于后续分析。
富集分析（GO / KEGG）
软件自动完成基于 clusterProfiler 后端，自动将差异基因 SYMBOL 转换为 EntrezID，运行 GO（BP/MF/CC 三个本体）和 KEGG 通路过表示分析，输出条形图、气泡图、富集结果表。
条件分组比较
软件自动完成支持多样本（如治疗组 vs 对照组、肿瘤 vs 癌旁）的细胞组成差异分析，自动计算各亚群在不同条件下的占比变化，绘制对比柱状图与统计检验。
亚群再聚类（Subcluster）
软件自动完成选定某一大类细胞（如 T 细胞、髓系细胞），软件自动重新进行高变基因筛选 + PCA + UMAP + 聚类，揭示更精细的亚型结构（如 CD4+ Naive、CD4+ Treg、CD8+ Effector 等）。
拟时序 / 轨迹分析（Monocle2）
软件分析基于 Monocle2 算法，将单细胞数据转换为 cell_data_set 对象，构建 trajectory graph，指定根节点后计算 pseudotime，输出轨迹图与基因表达沿伪时间的变化。也可以联系人工服务定制运行。
细胞通讯分析（CellChat）
软件分析基于 CellChat 数据库量化亚群间的配体-受体通讯强度，输出弦图（chord diagram）、网络图、信号通路气泡图，揭示组织微环境中的细胞互作模式。也可以联系人工服务定制运行。
整合分析 → 生物学假说 → 文章发表
结合上述所有结果（细胞图谱、差异基因、富集通路、CNV、轨迹、通讯）形成生物学假说，撰写论文。建议参考文献一（NSCLC 单细胞图谱）和文献二（多原发肺癌异质性）的分析框架。
📷 分析结果示例
软件实际生成的图表（可直接用于论文投稿）
💬 进阶分析人工服务
对于 CNV、细胞轨迹、细胞通讯等高级分析，由资深生信工程师定制运行并交付完整结果。
🧫 CNV 拷贝数变异
CopyKAT / inferCNV
肿瘤恶性细胞鉴定
➡️ 细胞轨迹分析
Monocle2 / Slingshot
分化路径与拟时序
💬 细胞通讯分析
CellChat / NicheNet
配体-受体互作
📊 WGCNA 共表达网络分析
➡️ 细胞轨迹分析（Monocle2）
💬 细胞通讯分析（CellChat）
📦 交付内容：高清图片（PDF/PNG）+ 分析报告 + 参数说明
⏱ 交付周期：7 个工作日（可加急 3 天）
💰 定价：按分析项目模块化报价
永久授权
一次购买 · 永久使用 · 后续更新免费
常见问题
Q: 软件支持哪些功能？
软件支持完整分析流程：一键流程（QC + 聚类 + 注释）、UMAP / FeaturePlot / DotPlot / Violin / 比例图、差异分析、富集分析、CNV、轨迹分析、CellChat。激活后永久使用全部功能。
Q: 支持哪些数据格式？
支持 10X Cellranger 输出（matrix.mtx / barcodes.tsv / features.tsv 三件套）、RDS（Seurat 对象）、H5（HDF5 格式）。建议 Cellranger 输出，最兼容。
Q: 电脑配置要求？
Windows 10/11 与 Mac，内存建议 ≥ 16 GB，硬盘空间 ≥ 5 GB。中等规模（1-3 万细胞）流畅运行，5 万以上建议 32 GB 内存。
Q: 数据会上传到服务器吗？
不会。软件全程本地运行，仅在激活时连接服务器验证授权，分析数据始终保留在你的电脑上。
Q: 激活码可以换电脑用吗？
激活码与机器绑定，如需更换设备请联系客服重置（微信 BIOMANLAB）。
Q: 永久授权有使用期限吗？
永久授权一次购买，终身使用。激活后在软件生命周期内可免费获取所有后续更新。已导出的所有图表和 CSV 文件不会失效。
Q: 支持 Mac / Linux 吗？
已支持 Windows 10/11 与 Mac 系统。